AMAPmod est un ensemble de méthodes couvrant toutes les étapes de traitement depuis le codage de l'architecture de la plante jusqu'à l'analyse statistique des données en passant par la constitution et l'exploration de bases de données. Cet ensemble de méthodes est non seulement conçu pour répondre à des objectifs cognitifs, notamment pour formuler des hypothèses sur les mécanismes de fonctionnement de la plante, mais également pour répondre à des objectifs agronomiques plus finalisés (sélection variétale, étude des structures de ramification et des défauts de forme…). L'ensemble de ces méthodes est implémenté dans le logiciel AMAPmod.