En 1657, Marguerite Bourgeoys fit construire un petit abri en bois servant de chapelle pour faire des pèlerinages à la Sainte Vierge. Une chapelle de pierres fut construite en 1675. Incendiée en 1754, elle fut reconstruite en 1773. Ce monument religieux à été la proie des flammes deux fois au cours de son histoire. L'église, tel qu'on la connaît aujourd'hui remonte à 1771.  incendiée en 1754, elle fut reconstruite en 1771. C’est toujours ce bâtiment qui existe aujourd'hui mais il a été modifié à plusieurs reprise. La chapelle a failli être détruite lors d’un projet du Canadien Pacifique qui voulait construire une gare, mais ce projet fut contesté et la chapelle demeure toujours.

    Dans la chapelle se trouve une petite madone de chêne réputée miraculeuse. Elle est conservée depuis que le baron de Fancamp en fit don à Marguerite Bourgeoys. Aussi appelé "église des matelots", la chapelle renferme des répliques miniatures de navires (suspendues au plafond) offertes à la Vierge par des marins. Près du cœur de la chapelle, on peut  voir des ex-voto. Ces  ex-voto sont des remerciements  pour faveurs obtenues. Au plafond, on voit les fresques restaurées d'Édouard Meloche, éxécutées en 1886. Le musée Marguerite-Bourgeoys présente les découvertes des récentes fouilles archéologiques. Dès le commencement de la visite du musée nous sommes confrontés à monter 69 marches pour rejoindre l'observatoire de la chapelle. Cet observatoire est au niveau du clocher de la chapelle.  L'observatoire domine le Vieux-Port et le fleuve, nous offre une vue panoramique splendide.