Le Collège Boboto est une institution scolaire publique d’enseignement primaire et secondaire générale. Il est géré par l'Association des Pères et Frères de la Compagnie de Jésus (les jésuites) de la Province d'Afrique Centrale (ACE). Le collège s'inscrit dans la longue tradition de l'excellence jésuite, et reste une école de référence dans la ville de Kinshasa en République Démocratique du Congo. 

L’enseignement primaire compte trois directions avec un effectif total moyen de 1.750 élèves répartis en 45 classes. Le personnel enseignant et ouvrier est au nombre de 62. L’enseignement primaire dure six ans au terme desquels l’Association des Jésuites délivre une attestation de fin d’études primaires de la Compagnie de Jésus aux méritants, en attendant les certificats de fin d’études primaires que délivre le Ministère de l’Éducation Nationale à tous les élèves ayant obtenus 50% des points sur l’ensemble des matières prescrites au programme officiel.

  L’enseignement secondaire général a deux degrés : le Cycle Long Inférieur (CLI) qui comprend les deux premières années du secondaire, et le Cycle Long Supérieur (CLS) qui comprend deux sections : Littéraire et Scientifique. La troisième et la quatrième années de la section scientifique constituent un tronc commun pour les élèves qui s’orienteront en Math-physique ou en Biologie-chimie à partir de la cinquième année. Au terme des six ans, l’Association des Jésuites délivre le Diplôme de la Compagnie de Jésus aux finalistes méritants. Le Ministère de l’Éducation National délivre un Diplôme d’État à tous les finalistes ayant obtenus 50% des points sur l’ensemble des matières prescrites au programme officiel. Il y a en moyenne 750 élèves répartis en 21 classes. Le personnel enseignant et ouvrier au secondaire compte 50 membres. 

Dans son organisation interne, le Collège Boboto ne fait aucune distinction de degré. Les élèves et enseignants du primaire et du secondaire bénéficient du même régime réglementaire et administratif, et des mêmes avantages socioculturels. Un même Recteur et un même comité des parents siège au nom de tout le complexe scolaire.   

A côté de l’enseignement primaire et secondaire général se trouve l’enseignement spécial qui forme des secrétaires et aide-comptables et les programmeurs de gestion au CENTRE DE FORMATION PROFESSIONNELLE (CFP).