Un joven e inexperto aventurero se convierte en la clave para desentrañar un antiguo misterio, cuando se une a un grupo de temerarios exploradores para hallar el legendario imperio perdido. En el meollo de esta nueva y ambiciosa realización animada de Disney encontramos al ingenuo pero decidido museólogo/cartógrafo/lingüista Milo Thatch, quien sueña con finalizar la búsqueda iniciada por su abuelo ya muerto, un famoso explorador.

Cuando sale a la luz un diario que había estado perdido durante mucho tiempo, aparecen nuevas pistas sobre el sitio. Un excéntrico multimillonario accede a financiar la expedición ... y la acción se dispara hacia altísimos niveles.

Hace miles de años, Atlantis era una civilización en el cenit de su gloria. Cuando el Rey y sus súbditos optaron por hacer uso de sus poderes superiores para dominar al mundo, se desencadenó una feroz batalla que llevó a la destrucción de la ciudad. Tragada por una gigantesca ola, Atlantis desapareció sin que quedara de ella el menor rastro. Hasta ahora...

Corre el año 1914 y Milo James Thatch, experto en cartografía y lingüística, intenta convencer a sus colegas del Instituto Smithsoniano de que él conoce el sitio donde se encuentra Atlantis. Su abuelo ya muerto, Thaddeus Thatch, le contó acerca del misterioso Diario de Shepherd, un antiguo libro que podría contener la clave para hallar el imperio perdido. Al igual que su abuelo, Thatch es desoído por sus colegas y considerado un lunático.

Cuando todo parece perdido, Thatch obtiene la chance de poner a prueba su teoría: el excéntrico multimillonario Preston B. Whitmore lo convoca a su casa, y allí Thatch ve por primera vez el Diario de Shepherd, que había sido desenterrado por su abuelo. Whitmore le dice a Thatch que piensa financiar una expedición en busca de Atantis, y que necesita de su experiencia como lingüista para guiar a un grupo de exploradores. El Comandante Rourke encabezará el equipo, el cual incluye expertos en geología, en demoliciones, en mecánica, en medicina, etc.

A bordo del submarino Ulysses, la expedición tropieza en principio con la dificultad de aguas agitadas. Una gigantesca criatura mecánica parecida a un monstruo crustáceo, Leviathan, custodia la entrada a Atlantis y ataca al submarino. La tripulación lucha por escapar, justo antes de que la nave se parta. Gracias a las indicaciones del Diario, que señalan una vía subterránea hacia la ciudad perdida, el valiente e ingenioso grupo enfrenta numerosas peripecias en el camino hacia Atlantis.

Una vez en Atlantis, el grupo encuentra a la Princesa Kida y descubre que la ciudad está habitada. Sus habitantes se mantuvieron con vida durante tantos siglos gracias a la energía del cristal, una fuente de luz, energía y calor. La curiosa Princesa lleva a los exploradores al encuentro de su padre, el Rey, quien les ordena marcharse de allí de inmediato. Rourke pide más tiempo para descansar y reabastecerse. Kida lleva a Milo a recorrer la ciudad; juntos descubren que los cristales están vivos y enterrados a mucha profundidad, debajo de la ciudad. Cuando Milo le comunica la noticia a Rourke, descubre sorprendido que el astuto comandante ya lo sabía y que su plan era apoderarse robarlos para venderlos en la superficie al mejor postor.

Ante la oposición de Milo y de la tripulación, Rourke, desafiante, secuestra a Kida y a los cristales, y con ellos se encamina a la superficie, seguido por sus tropas. En un clímax heroico, Milo utiliza un pequeño fragmento de cristal para despertar a una armada de vehículos muy particulares de Atlantis, dormida durante largos siglos. Entonces se desata la desesperada batalla para recuperar a Kida y salvar a la ciudad de una muerte segura.

En el otoño de 1996, tras finalizar "The Hunchback of Notre Dame"; los realizadores Hahn, Wise y Trousdale se abocaron al desarrollo de un nuevo proyecto. Comenzaron a discutir ideas sobre un nuevo film que pudiera capturar la esencia del tradicional género de aventuras animadas de Disney ("20,000 Leagues Under the Sea", "Swiss Family Robinson", "In Search of the Castaways" etc.) como también la de los filmes contemporáneos sobre exploradores, como por ejemplo los de la serie de "Indiana Jones".

Observa Don Hahn: "Decidimos retornar al género de acción y aventuras que hizo famoso a Walt en la década del '50 y que luego fue retomado por George Lucas y Steven Spielberg en 'Star Wars', y 'Raiders of the Lost Ark' por ejemplo. Queríamos realizar una gran película épica animada. En Disneyland hay una zona llamada Adventureland (tierra de Aventuras), de modo que dijimos 'Allá vamos'. En lugar de ir por la calle principal, a través del castillo de Fantasyland, donde hemos ido tantas veces (y suerte que lo hicimos), decidimos tomar hacia la izquierda y entrar en Adventureland para divertirnos allí".

A fin de aprovechar el grandioso paisaje y la abundancia de escenarios del film, los realizadores optaron por realizar "Atlantis" en CinemaScope. Rara vez se ha utilizado este formato en animación ("Lady and the Tramp", "Sleeping Beauty" y "A Bug's Life"); el impacto que causa es extraordinario. La presentación en pantalla ancha requiere de un abordaje especial a la composición y de animación adicional, dada la mayor superficie de la pantalla. Como hace notar Hahn, "La pantalla de CinemaScope es un 30% más grande que la pantalla normal; por lo tanto transmite una experiencia visceral fascinante para el público. Los filmes de acción y aventuras son ideales para la pantalla ancha y 'Atlantis' aprovecha al máximo este formato."

Avanzando más en la credibilidad de la civilización de Atlantis, los realizadores acudieron al lingüista Marc Okrand a fin de crear una lengua original, que pudiera ser tanto leída como hablada. Okrand, quien previamente creara algunas palabras en lengua Vulcan (para "Star Trek II") y luego en lengua Klingon (utilizadas en "Star Trek III" y en "Star Trek: The Next Generation"), inventó cientos de palabras en Atlantean para el film, que son pronunciadas por Leonard Nimoy, Cree Summer y otros. La lengua Atlantean, con una alfabeto de veintinueve letras, tiene sus raíces en el Indoeuropeo, pero con reglas que le son absolutamente propias.