Une étude sur le potentiel de trafic de la ligne SNCF Caen-Flers a été menée par les cabinets SYSTRAL et ALTERMODAL à la demande du Conseil régional de Basse-Normandie. Lancée à l'issue du débat public sur la mise en 2x2 voies de l'axe routier Caen-Flers, cette étude a conclu en août 2005 qu'un trafic potentiel de 550 voyageurs/jours était réaliste. Cependant elle se contente de comparer différentes options, sans grand rapport entre elles, pour la réutilisation de la voie ferrée : TER, train touristique ou voie verte. Il faut au contraire tout prendre en compte car ces options sont compatibles. Par ailleurs, l'étude est très mal documentée et ne comprend pas d'aspect prospectif : "avec l'augmentation du prix du pétrole, le développement très important de l'habitat dans les communes riveraines, le potentiel de la ligne pourrait dépasser largement 700 voyageurs/jour" ; Il est très surprenant que l'existance de trains-légers adaptés à la configuration de la ligne n'est pas été évoquée dans cette étude. Ce type de train existe pourtant depuis les années 1990 ; enfin, la prise en compte de l'intermodalité et celle du transport multimodal sont absentes de l'étude. L'exploitation de la ligne peut très bien comporter à la fois un service de type RER cadencé à la 1/2 heure aux heures d'affluence, un service touristique, et un service de fret de type multimodal permettant le développement des entreprises riveraines en les ouvrant sur Port 2000, au Havre, et sur les plates formes multimodales de Caen et de Mezidon (liaison à l'Euro-corridor Dunkerque-Bordeaux-Espagne). Ce point est d'autant plus important qu'un campus industriel s'est installé près de la gare de Caligny, autour de l'entreprise Faurecia. Il comporte un pôle d'excellence technique automobile incluant une école d'ingénieurs et une école de mécanisme. En conclusion, une contre-expertise serait opportune.

Le Conseil Régional de Basse-Normandie s'est prononcé le 12 décembre 2006 pour la préservation de la ligne. Dans un premier temps, elle devrait être utilisée pour l'exploitation d'un train touristique. Dès à présent, au vu de la somme des potentialités offertes et de l'intérêt des populations riveraines,  il faut travailler à son exploitation en TER periurbain. La ligne Caen-Flers doit être considérée comme un véritable lien structurant et un moteur économique pour la région et pour les deux départements concernés. En conséquence, il est indispensable de demander l'inscription de la réouverture de la ligne ferroviaire Caen-Flers au shema régional des transports et au prochain contrat de plan Etat-Région. Une pétition a été organisée dans ce sens par le Réseau Vert et a recueilli 8200 signatures.