Il s'entrainait la nuit chez Azato. A cette époque, le gouvernement avait proscrit la pratique du Karaté et les entraînements devaient avoir lieu en secret.  Pendant l'ère Meiji ( 1869-1912 ), alors qu'il n'était plus nécessaire de garder le secret, la tradition vieille de plusieurs siècles, qui voulait que l'enseignement et la pratique du karaté demeurent secret, étaient toujours profondément ancrée dans les mentalités. Sensei Funakoshi fit ensuite la connaissance de Maître Itosu, un aristocrate d'Okinawa et ami d'Azato. Gichin Funakoshi apprenait parfois sous leur double tutelle les aspects spirituels et techniques du Karate. Il eut donc la chance d'être formé par les deux principaux successeurs de Sokon Matsumura, les deux plus grands maîtres de l'époque: Itosu et Azato.

En 1902 il fit une démonstration devant les responsables de la province de Kagoshima.           En 1912, le Shôbukai d'Okinawa le choisit pour effectuer une démonstration à la marine Japonaise. Il fut remarqué par l'amiral de la flotte impériale.           G.Funakoshi alla au Japon pour la première fois en 1917 pour faire une démonstration au Butokuden de Kyoto. Il y retourne cinq ans ( mai 1922 ) plus tard pour une deuxième démonstration ( il présente une scéance de combats à mains nues ) devant le ministre de l'Education Nationale Japonaise. Jigoro Kano le fondateur du Judo, l'invite à Tokyo pour présenter son art au Kodokan.Le succès fut immédiat et les demandes de cours affluaient. Sensei décide de rester dans cette ville pour enseigner l'Okinawa-te. Il ne retourna jamais à Okinawa.

           A cette époque, en 1921 le maître Choku Motobu, également ancien élève de Itosu, enseignant déjà cet art au Japon.Funakoshi enseigna d'abord au Meisojuku, une pension pour étudiants dans un dojo de 40m2. Plus tard il partagea le dojo de Hakudo Nakayama, un maître de Kendo.

          Par la suite le mot Shotokan vient définir la technique particulière de combat du maître (Shoto, nom d'écrivain de Gichin, littéralement Shoto désigne l'ondulation des pins sous le vent  et Kan, maison, donc la maison de Shoto). En 1935, Sensei ouvrit son propre dojo (le Shotokan) dans le quartier de Meijiro.

En 1936, G.Funakoshi avait ouvert plus de trente dojos dans les universités et dans les entreprises. ( Les principaux dojos où le Maître enseigna sont ceux des universités de KEIO ( ouvert en 1924 ), ICHIKO ( ouvert en 1926 ), WASEDA ( ouvert en 1927 ),  SHODAI, TAKUSHOKU, CHUO, GAKUSHU-IN, et HOSEI ) C'est à cette époque que les katas furent révisés dans la forme. Dans le contexte du conflit sino-japonais, engagé à partir de 1936, Funakoshi dut se résoudre également à modifier en japonais de nombreux noms de kata d'origine chinoise. C'est ainsi que les Pinan devinrent Heïan.Gichin Funakoshi a transmis seulement quinze katas à ses élèves.

Les autres katas furent enseignés par d'autres maîtres d'Okinawa, amis du Sensei venus au Japon pour organiser des séminaires. Le style de Funakoshi, bien que plus moderne que celui d'Okinawa ( il insistait sur l'aspect autodéfense ), ne s'éloignait pas trop du style originel de l'île. Ses attaques étaient puissantes, mais ses positions demeuraient hautes et n'allaient pas chercher en distance comme celle du style moderne. Le style de Funakoshi était davantage adapté au combat rapproché, puissant mais plus court, utilisant beaucoup les membres supérieurs, mais très peu les jambes ( seul le mae-geri était utilisé ). Funakoshi inventa le kihon, la façon de pratiquer en série des mouvements dans une cadence scandée par le professeur. il inventa les katas simplifiés, qu'il nommera heïan de même qu'il codifia les assauts; kihon, ippon kumité, kihon sambon kumité suite à un travail de synthèse de ses connaissances. Il empruntera certains mouvementss au jiu-jitsu, judo, aïkido, arts martiaux envigueur au Japon.

          En 1949, Funakoshi est nommé chef instructeur de la Japan Karate Association.     

Avant de s'éteindre en 1957 (le 26 avril précisément à l'âge de 89 ans), il forma de nombreux élèves, (Gimma, Otsuka, Hironishi, Egami, Kuba, Takagi, Nagushi,Tsutomu OHSHIMA...) et fit de son fils Yoshitaka le successeur du Shotokan.

Yoshitaka a poursuivit la recherche que son père cessa vers l'age de soixante-dix ans. Yoshitaka introduisit des nouvelles techniques dans le karate comme le yoko-geri, le mawashi-geri ou le ushiro-geri. C'est à cette époque que le kumité s'est développé. Reprenant l'idée que le maître Otsuka avait émise quelques dix ans auparavant, Yoshitaka introduisit la notion de kumité dans la pratique. Le ippon-kumité s'est étendu au jyu-ippon-kumité puis au jyu-kumité.  A cette époque le karaté était uniquement un budo, et c'est plus tard qu'il dériva vers un concept plus sportif. Il existait bien une forme du shiai, le kokan-geiko qui était l'ancêtre de la compétition actuelle. A partir de 1940, l'entrainement était devenu extrèmenent difficile au Shotokan. Yoshitaka était à la tête du dojo assisté de Genshi Hironishi, Uemura et Hyashi. Certains raccontent qu'il y eut des accidents mortels... en 1945, sa santé se dégrade, Sensei est hospitalisé et meurt finalement de la tuberculose.

Très attaché à l'enseignement traditionnel du karaté, Funakoshi restera défavorable à la pratique du kumité et s'opposera jusqu'à sa mort à l'organisation de compétitions. A la suite  de Maître Funakoshi, d'autres habitants d'Okinawa vinrent au japon où ils apportèrent des techniques et des méthodes de travail légèrement différentes. De même, certains des élèves du  Maître enseignèrent le Karaté-do et insensiblement adaptèrent et modifièrent les techniques originelles. C'est cet ensemble de faits qui explique la multiplicité des méthodes de Karaté. Mais il faut comprendre qu'il s'agit de différentes méthodes d'enseignement mettant l'accent sur certains points ou sur d'autres mais dont les principes fondamentaux sont tous identiques.           Les méthodes les plus pratiqués sont:  Shotokan, Wado-Ryu ( fondé par M. Otsuka, élève de Maître Funakoshi), Goju-Ryu, Shito-Ryu, Shotokai ( fondé par M. Egami, élève de Maître Funakoshi ), etc ...