Au début de l’année 1960, les événements se précipitent et vont accélérer la rupture de Cuba avec les Etats-Unis. Irrité par l’expropriation de plus d’un million d’hectares appartenant à ses concitoyens, John Kennedy décide l’embargo total sur les exportations et les importations vers ou en provenance de Cuba. Le gouvernement cubain procède alors à la nationalisation systématique des biens nord-américains et rétablit ses relations avec l’URSS, le 8 mai 1960, afin de pouvoir vendre ses nouvelles richesses. Les effets de l’embargo sont donc jugulés grâce cette nouvelle alliance soviétique. Mais les américains n’en restent pas là.
La C.I.A., avec l’accord de Kennedy, recrute, arme et entraîne des Cubains anticastristes dans des camps secrets en Floride, au Guatemala et au Nicaragua mais le 15 avril 1961 un de ces camps est bombardé par des avions cubains. Deux jours plus tard une force mercenaire d’environ 2000 hommes débarque dans la baie des cochons. Elle se fait écraser en moins de 72 heures par les milices populaires cubaines. Kennedy n’est président que depuis deux mois mais il assume la pleine responsabilité de cet échec ce qui lui a valu d’accroître sa popularité. Quoiqu’il en soit ce fiasco montre que les soviétiques soutenaient activement les forces armées cubaines, notamment en les approvisionnant en armes.
Un an et demi après la baie des cochons, le 4 septembre 1962, Nikita Khrouchtchev conclut l’accord sovieto-cubain d’aide technique et militaire. De son côté, le gouvernement soviétique déclare qu’une nouvelle attaque nord-américaine contre Cuba déclencherait, cette fois, une guerre nucléaire. Le 14 octobre 1962 les avions américains U-2 ont la preuve que des missiles soviétiques sont implantés à Cuba. Il n’en fallait pas plus à Kennedy pour menacer à son tour Khrouchtchev et ordonner le déploiement de la force nucléaire américaine. Excellent politicien, Kennedy fait un discours (Le 22 octobre) dans lequel il déclare : «Notre objectif consiste à empêcher que ces missiles puissent être utilisés contre notre pays ou n’importe quel autre» s’attirant ainsi les faveurs de l’opinion mondiale. Les Etats-Unis sont donc prêts, s’il le faut, à entrer dans une guerre nucléaire contre l’U.R.S.S. Les menaces de guerre s’intensifiaient et l’holocauste semblait imminent. Mais Kennedy et Khrouchtchev réussirent à conclure un accord et, le 28 octobre 1962, les soviétiques annoncent le démantèlement des rampes de lancement tandis que les Etats-Unis s’engagent à ne plus envahir Cuba. Mais, malgré cet accord, la C.I.A. continue ses activités de subversion et de sabotage contre le gouvernement cubain.
Il faut également noter que l'invasion de la baie des cochons a été élaborée sous le gouvernement d’Eisenhower et Kennedy y était hsotile. Pourtant s’il refusait d’exécuter les projets élaborés sous l’administration de son prédécesseur il risquait de perdre son autorité encore mal assurée. Kennedy n’a donc pas empêché le débarquement à Cuba mais a réduit sensiblement la participation des forces armées notamment en refusant d’envoyer un soutien aérien pendant l’opération. Pour la C.I.A., ce refus est responsable du fiasco. Kennedy se sépare alors de la C.I.A et affirme sa volonté de la voir disparaître. Il révoquera d’ailleurs son directeur Allen Dulles (que l’on retrouve pourtant dans la commission Warren). On apprendra pour la première fois en 1975-76 que la C.I.A. et le crime organisé avaient projeté ensemble d’assassiner le leader cubain. A la sortie de la crise de Cuba, Kennedy était donc aussi détesté que Fidel Castro à la fois par la C.I.A. et par le milieu du crime organisé.
Effectivement, Kennedy avait donné son accord pour lancer une force mercenaire à Cuba bien qu’il ait d’une part considérablement allégé la puissance de feu de l’opération et de l’autre refusé un soutien aérien qui aurait évité aux mercenaires de se faire massacrer. Les historiens considèrent qu’il ne pouvait s’opposer directement à une décision antérieure à son intronisation de peur de perdre son autorité encore fragile, d’autres considèrent que Kennedy était incapable de se décider soit par manque de caractère, soit par ambivalence ou simplement par manque d’expérience. Quoiqu’il en soit Kennedy en assuma la pleine responsabilité et l’opinion publique n’en attendait pas moins, et comme tout le monde le sait : une faute avouée est déjà à moitié pardonnée !
Bobby Kennedy, le frère de John, se met alors en guerre contre Cuba, il crée l’opération «Mangouste» avec la C.I.A. pour intensifier ses actions contre Cuba. Cette action a deux objectifs : retrouver la suprématie militaire et laver l’affront de la baie des cochons subit par le gouvernement de son frère (et donc assurer sa réélection). Jusque là tout va bien, Kennedy et la C.I.A. y trouvent leur compte, la coopération est donc possible et personne ne songe à contredire Bobby qui devient le moteur de l’opération Mangouste.
Mais la C.I.A. fit secrètement appel à la pègre, en particuliers aux personnalités mafieuses contre lesquelles Bobby lui-même s’était battu avec tant de conviction. Cette nouvelle alliance laisse supposer que le véritable moteur de l’opération Mangouste n’était peut-être pas Bobby...
Et puis il y eut la crise des fusées. Désormais le gouvernement U.S. avait la preuve que des missiles soviétiques avaient été introduits sur le sol cubain et le bras de fer allait commencer.
La situation devint singulièrement complexe : maintenant, il s’agissait d’expliquer la présence de ces missiles sol-sol. Or Khrouchtchev, qui avait su tirer profit de la situation, était prêt à dévoiler au monde que les Etats-Unis avaient violé le pacte conclu après la baie des cochons en créant une opération secrète, l'opération Mangouste. La guerre nucléaire semblait inévitable.
Kennedy réagit par le déploiement de ses forces nucléaires et par son discours du 22 octobre 1962.
D’une part, par l’exhibition de sa puissance nucléaire, les E.U. retrouvent leur statut de superpuissance et d’autre part, non seulement le discours réconcilie l’Amérique avec les autres pays libres mais en plus elle se propose de protéger tous ses petits frères libres ! du coup on oubli que si crise il y a, c’est aussi, en partie, la conséquence de la politique menée par les frères Kennedy.
Mais ce n’était pas suffisant pour éviter un affrontement et Kennedy dut se résoudre à accepter de négocier avec Khrouchtchev. Le président Kennedy s’engageait à ne plus déstabiliser Cuba en échange de quoi les soviétiques démonteraient leurs rampes de missiles. La guerre était évitée, mais Kennedy venait peut-être de signer son arrêt de mort. Dans les jours qui suivirent, le président continua de donner espoir aux anticastristes alors qu’en réalité, il décommandait l’opération Mangouste pour satisfaire à son engagement. La C.I.A. ne l’entendait pas ainsi et se passa du consentement présidentiel, les actions de sabotages contre le gouvernement cubain continuèrent. Kennedy devint hostile à la C.I.A. et souhaitait « la faire éclater en mille morceaux ».
Kennedy ne voulait pas soutenir militairement les français, il préférait que l’argent serve à obtenir la liberté d’indépendance en aidant et entraînant les autochtones à se battre seuls contre leurs ennemis pour leur propre liberté. Kennedy était conscient que ce conflit risquait d’ébranler la sécurité dans le monde mais il n’avait pas les mêmes opinions que le gouvernement sur les moyens à employer.
Son assassinat est peut-être aussi lié à cette divergence de "moyens" à utiliser pour rétablir la sécurité dans le monde. D’ailleurs le 11 octobre 1963, le président Kennedy signa un Mémorandum qui commandait le retrait d’un millier de militaires américains stationnés au sud Vietnam. De sorte qu’il mettait fin à ce qu’il était alors convenu d’appeler la guerre de la C.I.A. en Asie du sud-est. Mais le 26 novembre 1963, soit à peine quatre jours après l’assassinat, le nouveau président signa un nouveau Mémorandum qui annulait les précédentes directives et allait relancer la guerre au Vietnam...
Il y a une polémique à ce sujet : la manière Kennedy aurait-elle évité la mort de 58.000 américains ? Serait-il parvenu à rétablir la sécurité en Asie ? Ne valait-il pas mieux une action militaire basique ? En fait cela n’a qu’une importance relative pour ce qui nous occupe.
Il s’avère que la guerre menée au Vietnam coûta beaucoup d’argent au gouvernement qui achetait son matériel militaire à des sociétés dont certaines semblent appartenir en fait à la C.I.A. Ainsi, si la guerre du Vietnam coûta plusieurs milliards de dollars aux Américains, elle en rapporta presque autant aux « marchands de guerre » dont la C.I.A faisait partie.