L'arrivée de Napoléon Bonaparte au pouvoir vit la réforme de l'administration dans un sens autoritaire, des préfets et des sous-préfets furent nommés dans chaque département. Le premier sous-préfet d'Issoudun, nommé le 7 avril 1800, était le futur Baron de l'Empire, Monsieur Arthuis De La Perrière. Les maires cessèrent d'être élus pour devenir agents du gouvernement, et c'est Monsieur Demonferrand qui fut désigné de 1801 à 1804 comme maire de la ville. Thomas Lumet, juge de Paix depuis 1791 démissionna et retourna à ses vignes en expliquant qu'il avait été choisi pour servir la République pendant 14 ans et qu'il ne pouvait pas servir un Empereur. Ceci lui valut l'estime des vignerons et l'actuelle rue du Juge de Paix, anciennement "rue de la truie qui file" où il demeurait, lui fait hommage.

Parmi les très nombreux renseignements que nous possédons sur l'histoire locale à partir de 1800, nous pouvons noter, par exemple, une secousse de tremblement de terre en 1801, les vendanges extraordinaires de 1804 et 1805, ou encore la misère des années 1811 à 1813, où l'on défendait de faire de la pâtisserie pour économiser la farine. En 1823, le pont de Saint Denis fut restauré et, la même année, eut lieu la dernière exécution capitale par guillotine. Le corps du supplicié fut le dernier à être enterré à l'ancien cimetière et le lendemain, le cimetière actuel fut inauguré.

En Octobre 1830, sous le règne de Louis Philippe, Issoudun connut une nouvelle émeute. Pendant que dans la capitale on proclamait la Liberté, à Issoudun, comme en 1790, ce sont à nouveau les vignerons contre les "coumis" qui souhaitaient la liberté en ce qui concerne la vente du vin.

N'oublions surtout pas, bien sûr, de noter les différents séjours à Issoudun du célèbre écrivain Honoré de Balzac chez Madame Zulma Carraud à Frapesle en avril 1834, puis en août 1835 et enfin en février-mars 1838, ce qui lui inspira le roman "La Rabouilleuse", où il décrit la ville et son histoire de façon très détaillée. Il semble que Stendhal ait également séjourné dans les murs d'Issoudun.