Le XVIeme siècle débuta, en 1504, par un grand incendie qui ravagea 200 maisons de la ville. Ceci ne sembla pourtant pas avoir perturbé le développement d'Issoudun, qui dut connaitre son siècle d'or entre 1450 et 1550, puisqu'elle était alors la seconde ville royale du duché de Berry. Certaines villes voisines se moquaient d'ailleurs des issoldunois en les nommant "les glorieux". Il semble en effet qu'issoudun était considérée comme la ville du "beau langage" par son attachement à la couronne. Mais d'après Jean CHAUMEAU, la ville était "principalement recommandable" pour trois choses importantes : l'étendue de sa juridiction, la plus grande de tous les sièges du Berry, l'abondance des troupeaux de moutons, d'où provient la plus grande part de la richesse de la ville, la copiosité et abondance des bons et excellents vins (Crève Coeur, Champfort, Haute Roche, Pied-Rouau).
Cette époque nous a également valu quelques uns des plus beaux ouvrages de la ville, notamment la verrière de l'Eglise Saint Cyr ainsi que la chapelle de l'hospice Saint Roch (ancien Hotel Dieu) avec ses deux arbres de Jessé.

Sous les règnes de François 1er et Henri II, le Duché de Berry fut donné en usufruit à leurs deux soeurs respectives : la première, soeur de François 1er, Marguerite d'Angoulême, plus connue sous le nom de Marguerite de Navarre,en 1517 et la seconde, soeur de Henri II et fille de François 1er, Marguerite de Valois, en 1550.

Les guerres civiles de religion n'épargnèrent pas Issoudun. En effet, les notables de la ville étaient partisans de la Religion Prétendue Réformée, le Protestantisme, tandis que les artisans et vignerons des faubourgs restaient attachés à la religion catholique traditionnelle.
Le 7 mai 1562 eut lieu de le massacre de Sainte Lizaigne : alertés par le curé du village, les paysans ligotèrent et jetèrent dans la Théols 13 jeunes gens du parti protestant auxquels il avait prêté de mauvaises intentions.

Le 9 juillet 1562, Charles de Barbançois, Seigneur de Sarzay, catholique averti et désigné pour commander la place d'Issoudun, s'en prit aux protestants de la ville. Ces derniers firent appel au Capitaine d'Ivoi de Bourges et ce fut le début d'une bataille avec forces canons depuis le Faubourg de Rome contre les remparts. Cependant, la nouvelle de la venue du Sieur de Brosse au secours d'Issoudun fit battre d'Ivoi en retraite et, le 9 août, eut lieu une procession d'action de grâce en l'honneur de Monsieur de Sarzay, défenseur des catholiques. Son nom fut également donné à une tour qui avait été détruite par les canons protestants entre la porte neuve et la porte galeuse. Ce fut le début de nombreuses violences entre catholiques et protestants.

En 1569 (ou 1573), les catholiques brûlèrent le temple protestant rue des capucins. Le commissaire Denis Du Jon fut envoyé pour enquêter mais fut assassiné, la maison où il logeait brûlée. Ceci déplut au Roi qui décida de raser les murs de la ville. Les Bourgeois demandèrent grâce auprès de Charles IX et l'obtinrent.





Sous Henri III, un actif parti catholique s'instaura : la Ligue. A sa mort, c'est un protestant qui monta sur le trône : Henri de Bourbon, Roi de Navarre.
Issoudun, fidèle à ses habitudes, continua à servir la Monarchie et quand, le 15 mars 1589, les ligueurs occupèrent la ville pendant quatre mois, ils se virent chassés, le 14 juillet, deux cents ans jour pour jour avant la prise de la Bastille, par une conjuration menée par Jacques Bernard.
La fidélité d'Issoudun à la Monarchie lui valut en 1598, de la part du Roi Henri IV (qui abjura le protestantisme et au temps duquel tout rentra à peu près dans l'ordre), l'exemption de toute imposition.