Le XII ème siècle est d'abord marqué par la passage de la Reine mère, Marie de Médicis, le 17 juin 1622, et pour lequel les issoldunois ne regardèrent pas à la dépense.

Ce fut également à cette période, après la fin des luttes religieuses, que furent fondés quatre nouveaux couvents à Issoudun où n'existaient depuis des siècles que l'Abbaye bénédictine Notre Dame et le monastère franciscain des Cordeliers :
* deux communautés d'hommes : Les Minimes, qui s'installèrent en 1615, et Les Capucins entre 1612 et 1630. De ceux-ci ne restent guère plus aujourd'hui que le nom des quartiers.
* deux communautés de femmes : Les Ursulines, qui s'installèrent dès 1627 et qui firent ensuite construire le bel immeuble de la Rue Basse. Elles s'occupaient de l'éducation des jeunes filles et détenaient, notamment, la fameuse recette du Massepain d'Issoudun. La seconde, Les Visitandines, s'installèrent dès 1643 successivement Rue Saint Marie, Rue de l'Avenier, puis furent transférées après l'incendie de 1651 à l'emplacement de l'ancienne Maladrerie.

Monastère des Capucins - 1612.

Sous Louis XIV, Louis de Bourbon, Prince de Condé et élevé en Berry, chef des rebelles contre la Monarchie au temps de La fronde, ne manquait pas une occasion de faire savoir son antipathie envers Issoudun et ses habitants, dévoués à la Couronne. Aussi, lorsque le 21 septembre 1651, le troisième grand incendie se déclara, le plus terrible de l'histoire de la ville (il ravagea la ville), pensa-t-on tout d'abord à une attaque des gens de Condé, ce qui empêcha d'y remédier plus promptement. En effet (d'après La Thaumassière qui décrivit ces faits seulement trente huit ans après), les hommes laissèrent biens, femmes et enfants pour aller défendre leurs murailles au service du Roi.