La transgénèse présente de nombreux avantages pour l'agriculture :

L’amélioration d’une espèce végétale s’est faite jusque là par l’opération de croisements entre deux variétés ayant des qualités différentes que l’on veut conférer à leur descendance. Cette descendance n’est toutefois obtenue qu’après de nombreux croisements, la probabilité qu’elle ait lieu étant très faible. Ainsi, la création d’une nouvelle variété de blé, de maïs ou encore de betterave prend plusieurs dizaines d’années selon la méthode traditionnelle. La transgénèse, beaucoup plus rapide, permet de diminuer considérablement ces délais.
De plus, si on connaît une variété presque parfaite, qui n’a qu’une seule lacune, on peut, grâce a la transgénèse, influer directement sur ce caractère alors que par un croisement, on aurait recombiné le patrimoine génétique des deux « Parents », satisfaisant peut être cette lacune mais en créant probablement de nombreuses autres…
Enfin, grâce a la transgénèse, on peut aller chercher un gène « sain » chez une autre espèce, ce que le croisement n’aurait permis du fait de la barrière des espèces (Cela pose d'ailleurs un problème important d'éthique et soulève actuellement un débat duquel nous avons décider de ne pas parler puisqu'il ne s'agit plus là de traiter des OGM sous leur aspect scientifique et cela malgré les sages paroles de Rabellais : "Science sans conscience n'est que ruine de l'âme")

Amélioration des récoltes grâce aux OGM :
Pour améliorer les récoltes tant sur la qualité que sur la quantité, il s’agit de lutter à la fois contre les maladies cryptogamiques (dues a des champignons) et contre les virus. En ce qui concerne les maladies cryptogamiques, les méthodes les plus efficaces sont la désinfection des outils, le brûlage des bois de taille, la lutte chimique, l’utilisation de plantes naturellement résistantes. Alors que pour les virus, la lutte chimique n’est pas efficace puisqu’ils utilisent la cellule pour se multiplier et que donc cette lutte perturberait le métabolisme de cette dernière. On utilise donc aujourd'hui parfois des gènes de résistance à des virus présents dans d’autres plantes qu’on introduit dans les plantes à cultiver mais pour la plupart des infections, on ne connait a l’heure actuelle aucune résistance « naturelle ».

Exemple : le court noué de la vigne  (du a un « népovirus ») :
Le virus (grapevine fanleaf virus) est transmis à la vigne par un ver, le nématode, qui le transporte.
Cette maladie diminue en fait grandement ses capacités, tant sur la longévité des pieds que sur leur production (qualité et surtout quantité).
Les luttes chimiques existent bien sous la forme de nématicide, destinés à éliminer les vers qui sont le vecteur de transmission de la maladie mais cette technique ne marche pas toujours et est de plus relativement coûteuse et surtout très néfaste à l’environnement du fait de la toxicité du produit.
D’où le recourt à la modification génétique pour lutter contre ce virus. Il n’a jusqu’alors pas été détecté chez les végétaux de gène capable de leur fournir le moyen de résister à ce virus. Mais depuis quelques années a été remarqué que le transfert d’un gène viral dans le génome d’une espèce végétale permet parfois de conférer à cette espèce une défense contre ledit virus voire même contre d’autres virus. C’est selon ce principe qu’a été étudié un moyen de lutter contre le court noué.
Il a donc été introduit dans le patrimoine génétique de la vigne le gène codant pour la coque protéique (=enveloppe) du virus grâce à la technique du tranfert biologique.

A partir de là reste à effectuer certains tests :
Tout d'abord, il s'agit de vérifier si le plant à bien été rendu résistant au virus. Pour cela, il est mis en présence du virus dans un champ infecté et son évolution est étudiée.
Ensuite est vérifiée la conformité des plants modifiés en sol non infecté. Ces tests ont pour but de vérifier que la nouvelle variété a les mêmes propriétés culturales que la variété traditionelle et d'estimer les facteurs de biosécurité.
 

D'autre part, il ne s'agit pas uniquement de produire plus mais de produire mieux. Aux Etats Unis, en 1998, plus de 20% des essais sur les plantes transgéniques concernaient les OGM à caractères qualitatifs . En effet, les OGM de "seconde génération" permettront d'améliorer certaines caractéristiques des plantes :
* Qualité nutritionnelle : petits-pois contenant plus d'acides aminés essentiels, huile à composition en acides gras modifiée...

* Qualité technologique : - pommes de terre absorbant moins de matières grasses à la cuisson, tomates résistantes au transport...
- retard de la maturation des fruits et légumes pour qu'ils se conservent plus longtemps.
 

Traitement par un herbicide total :

L’introduction d’un nouveau gène dans le patrimoine d’une plante peut lui conférer une résistance aux herbicides. Cela est surtout intéressant dans le cas d’herbicides totaux puisque l’on peut indifféremment traiter un champ sans affecter la plante cultivée. Cela présente bien évidemment un très gros avantage pour l’agriculture mais cela reste à nuancer puisque cette application peut en même temps présenter un danger plus ou moins important pour la sécurité alimentaire :
Chez une plante classique, ayant donc une résistance naturelle aux herbicides, ces derniers sont éliminés par métabolisation c’est à dire transformation. Les récoltes ne contiennent alors a priori pas de traces d’herbicides. Lorsqu’une plante est modifiée, deux cas de figure sont possibles :

Chez une PGM, le principe actif ne peut inhiber par substitution l'enzyme-cible dont la forme du site actif a été modifiée