La Technique de la transgénèse est une technique encore toute jeune et de nombreuses questions restent en suspens. On constate qu'elle présente de nombreux avantages mais également des risques non négligeables et d'autre mal voire même inconnus. A tel point que les scientifiques ne sont pas tous en accord en ce qui concerne l'évaluation des OGM avant leur mise en circulation. Ainsi il existe deux conceptions :

La première est, selon les partisans de la seconde, réductionniste c'est à dire qu'elle tente d'imposer aux autorités et aux consommateurs que un gène correspond à une protéine ainsi, les tests de sécurité pratiqués selon cette vision se résument en l'évaluation de la correspondance entre l'organisme traditionnel et l'organisme modifié et en l'évaluation de la non toxicité de l'insecticide par exemple s'il s'agit d'une plante rendue résistante à certains insectes. D'autre part, toujours pour les partisans de la seconde conception, les risque à long terme sont négligés puisque méconnus et ils craignent d'aboutir à des situation déjà vécues par le passé comme pour l'amiante qui est le cas le plus récent en date... il a fallu attendre des dizaines d'années et de morts pour prendre concience du danger.

En fait, pour les partisans de la seconde conception, dite "à complexité intégrée", lorsque l'on modifie un gène d'un organisme, on ne fait pas que modifier un de ses caractères. En effet, la génétique moléculaire a récemment démontré que les gènes avaient souvent plusieurs fonctions, régulées de manière "corélée et complexe, voire innatendue" et même que le loci d'un gène pouvait avoir grande influence sur son expression dans le temps et l'espace (lieu d'action de la protéine synthétisée).
Pour ces derniers, l'OGM n'est pas une variété de l'organisme d'origine mais est en fait un nouvel organisme à part entière et comme ses effets à long terme sont inconnus, il faut réellement qu'ils soient mis a part et présentés dans la distribution tels qu'ils sont réellement tant que leurs effets restent méconnus. Ils veulent que les tests de sécurités soient plus poussés avec des tests grandeur nature sur des populations, aussi bien de rongeurs que de non-rongeurs que de mammifères et en faisant des bilans complets (poids, bilan sanguin...).

Le fait reste méconnu du grand public mais de plus en plus de scientifiques soutiennent cette vision et ils ont même pour la première fois en Europe signé une demande de moratoire commercial afin que les OGM soient mieux étudiés avant leur mise sur le marché.

Nous voulions donc nous tenir loin du débat qui tourne autour des OGM, cela étant plus d'ordre économique ou social mais même parmi les scientifiques, les avis divergent... Le débat va être rude et on n'a pas fini d'entendre parler des OGM. Des générations plus évoluées ont déjà été pensées... les problèmes seront-ils résolus pour autant?