La fuite des gènes
Les transgènes pourraient se transmettre à d’autres espèces apparentées aux OGM poussant spontanément, par le processus de la reproduction sexuelle. En effet, la reproduction sexuelle s’effectue habituellement entre plantes de la même espèce mais une fertilisation interspécifique peut se produire. Parfois, les hybrides issus d’un tel croisement sont fertiles et assez vigoureux pour proliférer. Ainsi, le  transfert de gène serait particulièrement gênant dans le cas de la transmission de gènes de résistance à des herbicides aux mauvaises herbes ! Les gènes étrangers n’auraient pas pu être acquis par les variétés sauvages sans le concours de l’homme et leur confèrent donc des caractéristiques dont nous n’avons aucune expérience. Certains scientifiques se demandent si les OGM ne risquent pas d’altérer profondément les écosystèmes naturels. La probabilité de transfert de gènes dépend de la répartition des espèces sauvages et de leur environnement agricole. Par exemple, le maïs possède des parents spontanés en Amérique Centrale et pas en Europe, où la variété transgénique ne risque donc pas de poser des problèmes sur le plan de la fuite des gènes. Plusieurs plantes transgéniques largement cultivées en Europe ont des cousines sauvages, par exemple le colza. Ce problème a été sous-estimé par les firmes commercialisant les OGM. Il faut donc procéder à une évaluation scientifique des risques de flux de gènes des OGM. Pour cela, il convient de bien étudier l’écologie des espèces sauvages. De plus, les risques de dissémination des gènes de certaines plantes transgéniques pourraient avoir des impacts non seulement sur l’environnement mais aussi sur la gestion agronomique et imposeraient aux agriculteurs des contraintes pour la conduite des cultures.
 

Les effets non-désirés :
Les Plantes génétiquement modifiées en vue de leur donner une résistance naturelle à un insecte peuvent affecter des insectes non visés par la modification. C'est le cas par exemple pour les abeilles et le monarque qui, bien que non indésirables, sont éliminés par certaines plantes génétiquement modifiées :

L'impact sur le monarque :
 récemment a été menée aux Etats Unis une expérience sur le monarque, papillon d'Amérique du Nord réputé pour sa beauté :
 Des chenilles de ce papillon ont été nourries avec des feuilles artificiellement recouvertes de pollen d’une variété de maïs rendu résistant à la pyrale par l’introduction dans son génome d’un gène commandant la production d’un insecticide. Ces chenilles ont connu une croissance plus lente et une mortalité plus élevée que d’autres nourries de feuilles recouvertes de pollen de maïs non génétiquement modifié. L’expérience a donc démontré le « danger » encouru par le papillon.

L’impact des OGM sur les abeilles :
De la même manière, les OGM pourraient être toxiques pour les abeilles qui les visitent. Il est donc nécessaire de procéder à :
         - L’analyse des sécrétions des plantes transgéniques mellifères (par exemple le colza).
- L’évaluation de l’incidence d’une éventuelle exposition aux produits des gènes introduits dans le génome de ces plantes sur la survie des abeilles et leur comportement de butinage.