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Physique
Animations
Jean-Luc Richter - Mai
1997
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Travailler avec Rasmol
RASMOL est un logiciel gratuit, mis à disposition par l'université du Massachusetts. Il existe une version de ce logiciel pour différentes platformes : PC windows, Mac, Unix, Solaris, SGI....
RASMOL est capable d'importer tous les formats de modèles moléculaires qui sont disponibles sur internet. Il les affiche alors en 3D en couleurs 8 bit ou 24 bit. La qualité de cette représentation ainsi que la vitesse d'affichage sont les points forts du logiciel.
Les
écrans de RASMOL 2 (cliquer sur l'image pour agrandir)
En plus de ces capacités, RASMOL permet d'effectuer des mesures sur une molécule à l'aide d'une palette d'outils simples. Le logiciel est donc rapide à maitriser pour un élève de lycée ou du supérieur.
Les différentes fonctions de la palette sont les suivantes :
- En cliquant successivement sur deux atomes de la molécule, RASMOL affiche la distance qui sépare les deux atomes en Angström (Å). Cette commande est donc très pratique pour mesurer la longueur d'une liaison.
- En cliquant successivement sur trois atomes contigus, RASMOL affiche l'angle que font ces trois atomes. Cette information est précieuse pour l'étude des conformations spaciales.
- En cliquant successivement sur quatre atomes contigus, RASMOL donne l'angle que forment le premier et le dernier par rapport à la liaison centrale. Cette information est également très utile pour l'étude de la conformation de la molécule.
- Cette fonction permet, lorsqu'elle est sélectionnée, de faire pivoter la molécule dans l'espace avec le bouton gauche de la souris. Le bouton droit permet de déplacer la molécule dans l'affichage sans la faire tourner.
- Cette fonction est identique à la précédente, à la différence près que c'est l'ensemble des molécules qui pivotent. S'il n'y a qu'une seule molécule affichée, cette fonction est identique à la précédente.
- Ce dernier bouton est particulièrement utile, puisqu'en sélectionnant une liaison, il est possible de faire pivoter un morceau de la molécule autour de cette liaison et donc de changer ainsi la conformation spaciale de molécule.
RASMOL dispose également d'un menu qui permet de modifier certains paramètres de l'affichage et d'une ligne de commande qui permet d'accéder (entre autre) à deux fonctions très interessantes :
- zoom
- Suivie d'une valeur comprise entre 10 et 200, cette fonction permet de modifier la taille de l'affichage entre 10 % et 200 %. Il est donc possible de visualiser plus précisément certains groupes fonctionnels. Il faut noter que le zoom au-delà de 100 % n'est possible que sur une grande molécule.
- dots
- Cette fonction permet d'afficher le rayon de Van der Waal en pointillé.
Il existe bien d'autres fonctions qui sont documentées dans un fichier d'aide (hélas en anglais). RASMOL est également un produit qui évolue et il en existe déjà une version spécifique pour Windows 95 (qui supporte les noms de fichiers longs !) et une version est également disponible en français sous le nom de RASMENUF.EXE (seule l'interface est en français).
J.L. Richter - Avril 1997