Faune et flore terrestre 

Contrairement aux autres types d'îles (ex. : îles de type continentales), la vie végétale et animale n'est apparue qu'après la formation de chaque île. Elles n'ont donc pas eu de contact direct avec les continents alentours. Au fur et à mesure que l'on avance vers l'est du Pacifique, la variété des espèces diminue. Certaines hypothèses sont émises quant à la façon dont la faune et la flore terrestre sont apparues. Des  arbres entiers, pouvant transporter la vie, ont pu dériver à partir des continents grâce aux différents courants marins ou lors de tempêtes, bien que la distance entre les îles et les continents soit très grande. Cette distance explique qu'il existe une véritable différence de richesse entre la faune terrestre et la faune marine. Les espèces d'animaux terrestres sont en nombre relativement limité. 
La gent ailée est la plus riche. Elle compte une centaine d'espèces. Parmi elle, on remarque que certains ne sont que visiteurs ou migrateurs. Les oiseaux que l'on rencontre assez couramment sont : le merle des moluques gris (espèce importée), l'hirondelle, le coucou, la colombe, la tourterelle, la perruche et quelques rapaces (dont l'épervier). Les oiseaux de mer les plus communs : pétrels, sternes blanches, la grande frégate noire, le fou masqué, échasses, aigrettes, phaétons... ( 1 , 2 ) Il existe 600 espèces d'insectes, 7 espèces de reptiles (uniquement lézards et margouillats), et trois espèces de rats. 

En ce qui concerne la flore, les oiseaux ont certainement contribué à la germination de plantes et d'autres fleurs des îles polynésiennes en les transportant lors de migrations. Sur les îles hautes se trouve la majorité des 1000 espèces végétales. Quant aux atolls, ils n'en comptent qu'une centaine, étant donné l'absence de véritable sol. Ces végétaux varient en fonction des différents types d'îles, des latitudes et des climats. Certaines plantes ont été introduites par l'homme (voir plus bas). Parmi la flore qui caractérise les îles du pacifique, en voici quelques exemples : l'arbre à pain (mis en honneur dans le film "les révoltés de la Bounty"), bananier, papayer, manguier, goyavier, tamariniers, avocatiers, et bien sûr n'oublions pas le cocotier. Les tubercules : taro, manioc. Les fleurs : l'Oiseau de Paradis , la Bougainvillée, le frangipanier , la fleur de tiare (gardenia), emblème local. 

Ces animaux et plantes, qui sont parvenus à coloniser ses îles lointaines, ont pu, non sans mal, s'adapter à l'environnement des îles jeunes et, dû à l'isolement et les conditions de milieu, certaines espèces ont su évoluer de manière originale jusqu'à devenir une forme singulière et unique. D'autant que certains animaux essentiels à l'équilibre naturel n'avaient pu atteindre ces rivages lointains. Les immigrants ont donc évolué en vase clos, sans réels prédateurs. 
Il y a de nombreux exemples de cas d'endémie dans ces îles. Les mentionner prendrait beaucoup de temps, mais en voici quelques uns : La fleur de tiare apetahi , qui n'est connu que du mont Temehani, un des sommets de l'île de Raiatea. Le lori des Marquises, petite perruche bleue des îles Marquises, unique. Le ptilope de Hutton, oiseau indigène de l'île de Rapa, au sud des Australes. 
De nos jours, certaines espèces sont menacés de disparition. 
L'introduction volontaire ou involontaire avec l'arrivée de l'homme joue également de son importance : les premiers Polynésiens (Voir le sujet  " Les Polynésiens ") embarquaient avec eux toujours suffisamment de réserves pour affronter des semaines de navigation : plantes, fruits et légumes frais, animaux vivants (chiens, cochons, poulets). Les migrations entre les îles ont donc contribué à une large diffusion de ces espèces végétales et animales. 
Chevaux, ânes, bovins, caprins et beaucoup de plantes cultivées ainsi que des arbres fruitiers ont été introduits par les Européens à leur arrivée. 

Faune et flore marine  

Le monde sous-marin  est tout aussi spécifique que les espèces terrestres en ce qui concerne les conditions de vie. Il est certes plus riche et compte d'innombrables espèces animales et végétales. Comparé à d'autres régions de l'ouest du Pacifique, il n'est cependant pas plus fourni. 
Il y a plusieurs raisons qui causent ce phénomène : la température de l'eau, ou encore sa faible teneur en éléments nutritifs due à l'éloignement des côtes continentales ; les larves animales, à partir du foyer de dissémination formé par les Philippines, l'Indonésie et la Mélanésie n'arrivent qu'en très petites quantité en raison des courants qui entravent leur direction. 
Toutefois, il ne faut pas sous-estimer la diversité animale dans les eaux polynésiennes. Parmi elle on dénombre : 700 espèces identifiées de poissons, 17 de requins , 5 de tortues , 48 genres de coraux, une diversité de crustacés (langouste, crabe, cigales de mer...), un millier d'espèces de mollusques dont les bénitiers qui peuvent atteindre une très grande taille, les trocas (volumineux escargots), les palourdes, les tellines, les cônes, les porcelaines, les huîtres pour la culture de perles... 
Les petits animaux marins sont nombreux près des récifs. La richesse et la complexité de la flore près du corail explique naturellement ce phénomène. En effet, l'eau des lagons ne présente pas les mêmes caractéristiques que l'eau de pleine mer. Elle est toujours plus riche en sel et en aliments nutritifs. 

La polynesie abrite quelques espèces marines rares que l'on ne trouve nulle part ailleurs : le cône de Gauguin, aux îles Marquises ; la porcelaine dorée, qui vit à proximité des grands atolls et à environ 40 mètres de profondeur.